Jadis, le peuple rat et la communauté souris étaient menacés par les scientifiques du laboratoire de N.I.M.H. La souris Jonathan Brisby les avait sauvés, devenant ainsi un héros. Aujourd'hui, Jonathan a disparu et sa veuve élève seule leurs enfants. Alors que les souris sont à nouveau menacées, le Grand Hibou fait appel à Timmy, l'un des fils Brisby, pour les sauver..